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公司的名字被别人注册商标了是否违法，需要根据具体情况而定。
如果公司的名字被别人注册商标，且该商标注册侵犯了公司的合法权益，那么这种行为是违法的，商标注册的目的是为了保护商标所有人的合法权益，防止他人侵犯商标所有人的商标权，如果商标注册人恶意抢注他人的公司名称或者侵犯了公司的名称权，那么这种行为是不合法的，公司可以采取法律手段维护自己的合法权益，例如向商标局提出异议或无效宣告等。
如果公司的名字在市场上已经有一定的知名度和影响力，并且该名字并没有侵犯他人的商标权或其他合法权益，那么别人注册商标的行为并不一定违法，在这种情况下，商标注册人可能会获得该商标的专用权，但这并不妨碍公司继续使用自己的公司名称或其他相关标识。
如果公司的名字被别人注册商标了，并且涉及到侵权问题，公司应该及时咨询专业律师的意见并采取法律手段维护自己的合法权益，公司也应该加强自身的知识产权保护和商标管理，避免类似的问题再次发生。